Генотип-это совокупность всех генов.
Фенотип-это совокупность всех активных генов.
Важно: первая буква-активный ген, вторая буква - неактивный ген 

У каждой пчелы есть активные и неактивные гены. Именно от активного гена зависит характеристика пчелы. Но генотип потомства зависит от активных и неактивных генов.  
Также в анализаторе есть гены красного и синего цвета.  
Красный ген-доминантный  
Синий ген-рецессивный
Если в 1 паре генов у нас попадается доминантный(красный) и рецессивный (синий) ген, то красный всегда будет в активном слоте.
Если оба гена доминантных (или оба рецессивных), то какой из них будет в активной, а какой в неактивной определяется случайно  
Доминантные гены обозначаются заглавными буквами (AA,BB),а рецессивные строчными (aa,bb)  
 
Гомозиготные (Чистые) гены обозначаются буквами с одинаковым размером и цветом( AA,AA,aa,aa) 
Гетерозиготные (Гибридные ) гены обозначаются буквами с разным цветом или размером (Aa,AA,Aa,Aa,aa,Aa)

Гены принцессы и гены трутня одинаково влияют на гены потомства.
Например у нас есть первый родитель с генами К/З и второй родитель с генами C/Ж. У нас всего 4 гена, которые отвечают за 1 характеристику. У потомства имеется 2 места под гены родителей, отвечающий за ту же характеристику. 1 ген он получает от 1 родителя, а ген 2 от 2 родителя. Всего может быть 4 комбинации (См. Ниже)
 

Закон единообразия первого поколения гибридов. 
При скрещивании двух родителей с чистыми, но разными генами, то у нас всегда будет гибрид.  
 

Собственно, если ген 1 родителя доминантный чистый, а ген 2 родителя рецессивный чистый, то всегда будет гибрид, где в активной фазе доминантный ген, а в неактивной фазе рецессивный ген.  
AA+aa=Aa (100%) 

 
Если скрещиваем 2 чистых вида с разными генами, но оба с доминантными генами (или оба с 
 рецессивными генами), то мы всё равно получим гибрида, но фенотип (набор активных генов) может измениться. 
AA+AA=AA (50%) ИЛИ AA (50%) 


aa+aa=aa (50%) ИЛИ aa (50%)
  
 

Мутация-это механика,добавленная модом forestry

Вот так мутация изображена в NEI
  
Но это не совсем так.
Вернее будет сказать,что при скрещивании двух генов "Лесная" и "Луговая" мы можем получить ген "Обычная"




Как видно из этой картинки, для каждого из генов просчет мутации идет отдельно. То есть,шанс получения гена"обычный" в активной или неактивной фазе = 15%. 
Шанс получение чистой пчелы = 15%*15%=0,225=2,25%